MySQL slaat de gebruikersnamen en wachtwoorden op in een tabel. PHPMyAdmin maakt als de opgegeven gebruiker verbinding met MySQL. Zou dus goed moeten gaan. Bij mij ziet het door jouw genoemde bestand er als volgt uit:
/* Authentication type and info */
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config';
$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'root';
$cfg['Servers'][$i]['password'] = '';
$cfg['Servers'][$i]['extension'] = 'mysql';
/* User for advanced features */
$cfg['Servers'][$i]['controluser'] = 'pma';
$cfg['Servers'][$i]['controlpass'] = '';